Endometriozis odaklarında gerçekleşen kanama vücuttan dışarı atılamaz ve birikip, bozularak çikolata kistlerini oluşturur. Kanamaların etkisiyle zamanla diğer organlarda (bağırsaklar, idrar torbası) yapışıklık ve hasar meydana gelir.
Tüm tıbbi uygulamalarda olduğu gibi, tüp bebek tedavilerinde de öncelikli yaklaşım, zarar vermeme yönündedir. Hele yumurtalık gibi bir dokuya müdahale edileceğinde, birçok kez düşünülmesi gerekir. Çünkü ameliyatın yumurtalığa vereceği hasar, zaman zaman geride hiç yumurta kalmamasına neden olabilmektedir.
Dolayısıyla çikolata kistleri eğer, malignite yani kanserleşme belirtileri göstermiyorsa, öncelikli tercih takip edilmeleri ve tüp bebek tedavilerinin bu kistlerin varlığında yapılmasıdır. Bu esnada çiftin bu kistler detaylı bir şekilde bilgilendirilmesi ve tüm tedavi seçeneklerinin, olası sonuçları ile birlikte aktarılması önem arz etmektedir.
Tüp bebek tedavilerinde eğer rahmin tüplerinde bir tıkanma (hidrosalpenks) söz konusu değilse, çikolata kistlerinin varlığında da uygun tedavilerle gebelik elde etmek son derece olasıdır. Ayrıca gebelik süresince yumurtlama ve adet kanamaları gerçekleşmediğinden çikolata kistleri gerileyecek, bazı hallerde tamamen kaybolacaktır.